FFOQSI forscht zu Innovationsfelder im Bereich der Pflanzen- und Futtermitteloptimierung, Pflanzengesundheit, Tiergesundheit und der Sicherheit der daraus hergestellten Lebensmittel. Dabei entwickelt und verwendet FFQOSI neuerste Technologien, die sowohl in der mikrobiologischen, molekularbiologischen und der chemischen Analytik die Beschleuniger des Fortschrittes sind. Dazu gehören vor allem Hochleistungssequenzierung, die Mikrobiomforschung, spektrale Verfahren, chemische high-throughput Verfahren, Bioinformatik&Datenanalyse. Die von FFOQSI vorangetriebene Grundlagenforschung stärkt den Innovationstransfer, verbessert das Management von Risiken, und steigert die Wettbewerbsfährigkeit der involvierten Wirtschaftsbetriebe. Es erhöht die Sichtbarkeit der exzellenten Forschung im Bereich der Agrifood-chain durch Vernetzung.